| 1. (1) |  1. FC Köln (Spielplan) | 28 | 18 | 4 | 6 | 74:35 | 39 | 58 |
| 2. (2) |  Hamburger SV (Spielplan) | 28 | 15 | 6 | 7 | 39:31 | 8 | 51 |
| 3. (3) |  Union Berlin (Spielplan) | 29 | 12 | 13 | 4 | 45:28 | 17 | 49 |
| 4. (4) |  SC Paderborn (Spielplan) | 29 | 13 | 9 | 7 | 66:42 | 24 | 48 |
| 5. (7) |  1. FC Heidenheim (Spielplan) | 29 | 12 | 10 | 7 | 41:34 | 7 | 46 |
| 6. (5) |  Holstein Kiel (Spielplan) | 28 | 12 | 9 | 7 | 53:42 | 11 | 45 |
| 7. (6) |  FC St. Pauli (Spielplan) | 28 | 13 | 5 | 10 | 39:42 | -3 | 44 |
| 8. (8) |  Jahn Regensburg (Spielplan) | 29 | 10 | 12 | 7 | 43:42 | 1 | 42 |
| 9. (9) |  Arminia Bielefeld (Spielplan) | 28 | 10 | 8 | 10 | 42:44 | -2 | 38 |
| 10. (10) |  SpVgg Greuther Fürth (Spielplan) | 28 | 9 | 10 | 9 | 30:44 | -14 | 37 |
| 11. (13) |  SV Darmstadt 98 (Spielplan) | 29 | 10 | 6 | 13 | 40:48 | -8 | 36 |
| 12. (11) |  VfL Bochum (Spielplan) | 28 | 9 | 8 | 11 | 38:41 | -3 | 35 |
| 13. (12) |  Dynamo Dresden (Spielplan) | 29 | 8 | 9 | 12 | 33:42 | -9 | 33 |
| 14. (14) |  FC Erzgebirge Aue (Spielplan) | 29 | 9 | 5 | 15 | 35:41 | -6 | 32 |
| 15. (15) |  SV Sandhausen (Spielplan) | 29 | 7 | 9 | 13 | 35:41 | -6 | 30 |
| 16. (16) |  1. FC Magdeburg (Spielplan) | 29 | 5 | 12 | 12 | 30:43 | -13 | 27 |
| 17. (17) |  MSV Duisburg (Spielplan) | 29 | 5 | 8 | 16 | 30:53 | -23 | 23 |
| 18. (18) |  FC Ingolstadt 04 (Spielplan) | 28 | 5 | 7 | 16 | 29:49 | -20 | 22 |
