| 1. (1) |  1. FC Köln (Spielplan) | 34 | 19 | 6 | 9 | 84:47 | 37 | 63 |
| 2. (2) |  SC Paderborn (Spielplan) | 34 | 16 | 9 | 9 | 76:50 | 26 | 57 |
| 3. (3) |  Union Berlin (Spielplan) | 34 | 14 | 15 | 5 | 54:33 | 21 | 57 |
| 4. (4) |  Hamburger SV (Spielplan) | 34 | 16 | 8 | 10 | 45:42 | 3 | 56 |
| 5. (5) |  1. FC Heidenheim (Spielplan) | 34 | 15 | 10 | 9 | 55:45 | 10 | 55 |
| 6. (6) |  Holstein Kiel (Spielplan) | 34 | 13 | 10 | 11 | 60:51 | 9 | 49 |
| 7. (9) |  Arminia Bielefeld (Spielplan) | 34 | 13 | 10 | 11 | 52:50 | 2 | 49 |
| 8. (8) |  Jahn Regensburg (Spielplan) | 34 | 12 | 13 | 9 | 55:54 | 1 | 49 |
| 9. (7) |  FC St. Pauli (Spielplan) | 34 | 14 | 7 | 13 | 46:53 | -7 | 49 |
| 10. (11) |  SV Darmstadt 98 (Spielplan) | 34 | 13 | 7 | 14 | 45:53 | -8 | 46 |
| 11. (10) |  VfL Bochum (Spielplan) | 34 | 11 | 11 | 12 | 49:50 | -1 | 44 |
| 12. (13) |  Dynamo Dresden (Spielplan) | 34 | 11 | 9 | 14 | 41:48 | -7 | 42 |
| 13. (14) |  SpVgg Greuther Fürth (Spielplan) | 34 | 10 | 12 | 12 | 37:56 | -19 | 42 |
| 14. (12) |  FC Erzgebirge Aue (Spielplan) | 34 | 11 | 7 | 16 | 43:47 | -4 | 40 |
| 15. (15) |  SV Sandhausen (Spielplan) | 34 | 9 | 11 | 14 | 45:52 | -7 | 38 |
| 16. (16) |  FC Ingolstadt 04 (Spielplan) | 34 | 9 | 8 | 17 | 42:55 | -13 | 35 |
| 17. (17) |  1. FC Magdeburg (Spielplan) | 34 | 6 | 13 | 15 | 35:53 | -18 | 31 |
| 18. (18) |  MSV Duisburg (Spielplan) | 34 | 6 | 10 | 18 | 39:64 | -25 | 28 |
