Mehrere Spieler trugen im Laufe ihrer Karriere sowohl das Trikot des FC Carl Zeiss Jena als auch das der Lilien. Darunter Aytac Sulu, der zwischen 2013 und 2019 zu einer prägenden Figur beim SV 98 wurde, die Mannschaft als Kapitän bis in die Bundesliga führte und späterauch für den FCC auflief. Auch Michael Stegmayer kennt beide Vereine bestens. Nach 35 Pflichtspielen für Jena wechselte der Linksverteidiger 2012 nach Darmstadt und war dort Teil der Mannschaft, die den Durchmarsch von der 3. Liga bis in die Bundesliga schaffte. Phillip Tietz lief in der Saison 2018/19 für Jena auf und erzielte in 32 Drittligaspielen elf Treffer. Von 2021 bis 2023 ging anschließend für die Lilien auf Torejagd und hatte mit zwölf Treffern in der Aufstiegssaison 2022/23 großen Anteil am Sprung in die Bundesliga.
Im aktuellen Kader des Regionalligisten blickt Manassé Eshele auf eine Vergangenheit beim SV 98 zurück: Der Angreifer war in der U19 für den SV 98 aktiv und unterschrieb im Sommer 2017 einen Profivertrag bei den Lilien, kam allerdings zu keinem Pflichtspieleinsatz für die Südhessen.